Замок Ниджё был построен военачальником (щёгуном) Токугавой Иэясу, основателем последнего военного правительства Японии. Замок был личной резиденцией правителя и его преемников.

Строительство здания Ниномару (второстепенный замок) было закончено в 1603 году и расширено внуком Иэясу - Иэмицу. Здание было построено в изысканном стиле Момояма - с раздвижными расписанными ширмами-дверьми и с "соловьиными полами" - оборудованными особыми мембранами, скрип которых похож на пение соловья, когда кто-то по ним проходит (древняя система безопасности). Иэмицу также построил Хоммару (главный замок), включая пятиярусную башню замка.

Оригинальное здание замка было разрушено в 18 веке, а нынешнее здание было перенесено сюда из Императорского Дворца в 1893 году.

Замок Ниджё находится под охраной ЮНЕСКО.